海南醫學院于1993年經國家教育委員會批準成立，隸屬海南省人民政府主管。學校辦學歷史可追溯到1951年私立海強醫事技術學校（1947年創建）與由宋子文先生任第一任董事長的私立海南大學醫學院（1948年創建）合并成立的海南醫學專門學校及建國后續辦的海南醫學專科學校、海南大學醫學部。學校1994年獲準授予學士學位；1996年被國家教育委員會確定為本科教學工作合格學校；2000年實現校本部從海口市龍華路遷移至城西學院路；2003年被國家教育部確定為聯合培養碩士學位研究生單位；2004年起相繼與北京大學等多所高校聯合招收碩士研究生；2006年被國家教育部確定為本科教學工作水平良好學校；2006年開辦留學生教育。

    學校是海南省惟一的一所省屬公辦普通高等醫學學校。辦學六十年來，學校形成了“厚德、嚴謹、博學、和諧”的校訓和“自強不息、團結向上、奮發有為”的海醫精神，并為國家和社會培養了二萬多名合格的醫學人才。在造就海南基層衛生骨干隊伍、利用現代技術促進醫學教學改革等方面富有特色。

    學校現占地616畝，分城西、龍華兩個校區；有醫、教、研專業技術人員1579人。其中，正高100人，副高263人，博士71人，碩士309人，碩士生導師32名，博士生導師3名；設有臨床學院、高等職業教育學院、國際教育學院、中醫學院、護理學系、口腔醫學系、藥學系、檢驗醫學系、預防醫學系、基礎醫學部、外語部、信息技術部、體育部、人文社會科學部等14個院系部，有65個教研室、6個基礎實驗室和5個專業實驗室。學校設立附屬醫院4家（直屬1家、非直屬3家），病床總數3722張，有臨床教學（實習）醫院32家，開放病床14076張，另有教學（實習）基地21個。學校開設醫學、理學和管理學3個學科門類17個本科專業和17個高職（專科）專業，面向全國各省、市、區（除西藏、上海外）招生，現有各類在校生逾萬人，留學生百余人。學校已經形成普通高等教育、成人教育、職業技術教育、研究生教育和留學生教育并舉的多層次辦學格局。

    學校圖書館使用計算機網絡管理，并聯入校園網，是CALIS的C級成員館和中國數字圖書館的會員館，也是海南省惟一的衛生部指定醫藥衛生科技查新咨詢機構。與中國醫學科學院圖書館合作，實現文獻資源共享服務。現有館藏文獻71.8萬冊，期刊3655種。正在興建的綜合性圖書館是海南省目前規模最大、設備最先進、功能最齊全的圖書大樓。校園已構成了主干千兆寬帶、百兆到終端的校園網絡架構體系。新校區已具備無線上網功能

    學校主編出版的刊物有《海南醫學院學報》、《海南醫學院報》、《亞太熱帶醫藥雜志》、《海醫附院報》。其中，《海南醫學院學報》被評為中國“科技核心期刊”，《海南醫學院報》是海南省高校中第一家獲得國家新聞出版總署批準公開發行的校報，《亞太熱帶醫藥雜志》（英文版）是海南省惟一，也是中國惟一的一本全英文版熱帶醫藥國際性刊物。

    學校現有2個省級重點實驗室（海南省熱帶病重點實驗室、海南省熱帶藥用植物研究開發重點實驗室）、2個教育系統省級重點學科（婦產科學、藥物化學）和4個衛生系統省級重點學科（婦產科學、神經內科學、醫學影像學、心血管內科學）。學校以分子生物學、轉基因研究、植物化學、干細胞研究、南藥與海洋藥物開發為科研主攻方向，在生殖醫學、熱帶醫學、熱帶藥學、黎族遺傳病等領域有研究特色。自成立學院以來，全校共獲國家級科研課題48項，其中科技部“863”計劃項目2項、國家科技支撐計劃項目3項、國家自然科學基金項目43項；獲省級科技獎51項，其中一等獎4項、二等獎10項。

    學校堅持體制機制創新，在創新中加快發展。學校第二次黨代會確立了“三步走”發展戰略目標，即從2004年起，力爭用十年左右時間，把學校建成國內獨樹一幟的熱帶醫學醫療教育中心，進而建成為學科較齊全、環境優美、設施先進、辦學水平高、具有鮮明海南特色的現代水準的熱帶醫藥大學。