為適應海南省醫藥產業飛速發展對于高素質藥學專業人才的渴求，海南醫學院作為我省唯一的高等醫藥院校主動承擔起為醫藥行業培養高素質藥學專業人才的重任，2000年藥學專業籌備成立，2001年始招生，已連續招生8屆688人，畢業4屆229人，2007年我校藥學專業被海南省教育廳確定為首批13個特色專業之一；在成功創辦藥學專業的基礎上，2007年又增設了中藥學和醫藥市場營銷學兩個新專業，已連續招收2屆近200人；使海南省高等藥學教育的框架趨于合理。

    藥學系現有藥物化學、藥物分析與制劑、中藥學、營銷學、藥理學、有機與物化、無機與分析7個教研室和藥學專業課與化學分析等2個教學實驗室；共有教職工83人，其中專任教師56人，教授6人，副高職10人，博士10人，教師中78%具有碩士以上學位；教師中海南省有突出貢獻的優秀專家1人，海南省“515人才工程”第一層次1人，海南省人民政府引進優秀人才2人，省重點學科-藥物化學責任教授和省重點實驗室主任各1人次，合作博士生導師1人，兼職碩士生導師4人，自2001年起與中國藥科大學和沈陽藥科大學等國內著名醫藥院校的教授聯合培養碩博研究生14名，5人已經取得碩士學位，自2007年起與沈陽藥科大學的教授開始聯合培養博士研究生。教師中9人次擔任中國藥學會理事和相關專業委員會委員、全國高等藥學教育研究會理事、中國自然資源學會中藥天然藥物專業委員會委員和中國藥材GAP(香港)研究促進會理事及海南省藥學會副理事長等職，4人次擔任國家核心期刊《藥物分析雜志》編委和《中國藥房》、《中國熱帶醫學》和《現代中藥研究與實踐》常務編委等。

   “為醫藥行業輸送實用型人才，給制藥企業提供技術性服務”一直是我們的辦學宗旨。藥學系自成立之日起，就受到省市政府及各相關職能部門的高度關注和大力支持。全省藥學專業唯一的“重點(扶持)學科-藥物化學”和專門從事南藥和黎藥研究的“海南省熱帶藥用植物研究開發重點實驗室”都落戶在藥學系。因為教學工作出色被學院評為2007年度教學先進單位。

    目前，藥學系已逐漸成為海南省高級藥學人才培育的搖籃！現代藥物創新的技術平臺！高等藥學教育和學術交流的主要窗口！